Так состоялось отделение в управлении военного духовенства от епархиального. Обер-священники (которых регламентировал и утвердил ещё Царь Пётр I в 1716г.) теперь по своим полномочиям были уравнены с епархиальными архиереями: им была предоставлена дисциплинарная власть над военными священниками, а также право назначать и увольнять священно- и церковнослужителей военного ведомства без особого разрешения Синода.
     Обер-священник получил право личного доклада у Императора, в то время как архиереи могли сообщаться с Императором только через обер-прокурора Святейшего Синода и прибывали на аудиенцию в строго назначенное время.
      В обязанности обер-священника армии и флота входило: «Руководство всеми церквами и духовенством военного и морского ведомств; посещение школ солдатских детей и учебных команд при полках; руководство благотворительными учреждениями при церквах военного и морского ведомств; избрание кандидатов и представление их местным архиереям для канонического утверждения и рукоположения лиц, еще не посвященных в пресвитерский и диаконский сан, а для священнослужителей, перемещаемых в другие части, — получение на то разрешения местного архиерея; назначение псаломщиков в военные соборы и церкви; назначение в соборы и церкви Гвардейского корпуса преимущественно заслуженных протоиереев и священников; разрешение спорных вопросов, возникающих между военным начальством и военными священниками при исполнении церковно-богослужебных обязанностей».
      В целях приготовления военных священников император Павел I задумал учредить армейскую семинарию, которая была открыта в СПб на Васильевском острове 4 июля 1801г. (уже после смерти царя-мученика, организованного англосаксами).
     В 1853 году ведомству обер-священника армии и флота была возвращена часть полномочий, утраченных после смерти Императора Павла I. Обер-священник снова получил право, минуя Святейший Синод, определять, увольнять, перемещать по службе священнослужителей; разрешать выдачу метрических свидетельств из церковных документов Военного ведомства, назначать следствия по проступкам духовенства и налагать взыскания.
     В 1858 году обер-священники были переименованы в главных священников. В 1915 году создано Управление протопресвитера военного и морского духовенства.
     Священники присутствовали в воинстве Русского государства всегда (первые упоминания встречаются с XII века). Полковые священники всегда честно делили с солдатами и офицерами все тяготы и невзгоды войны, шли вместе с ними на смертный бой. Главной задачей военных священников было объяснить воинам священный характер войны в защиту Отечества, которую благословляют Бог и Православная Церковь (и в 1380г, и в 1812г., и в 1853г. и в 1914г. и других войнах в истории России).
     Например, всего в Отечественной войне 1812г. участвовали около 200 армейских православных священников, а каждый полк имел свою походную церковь и, как правило, свою чтимую икону, покровительницу воинской части. В 1812-1814 годах более 50 армейских священников погибли в боях. Золотыми наперсными крестами на Георгиевской ленте были награждены 10 полковых священников. Многие десятки из них получили церковные награды. После окончания Отечественной войны все полковые священники, участвовавшие в боях, были награждены серебряной медалью, учреждённой в память войны 1812 года. Это была не только оценка их личного мужества, но и признание неоценимых заслуг всей Русской Православной Церкви, её вклада в Победу.
    В разное время высшей награды в русской армии – ордена Святого Георгия – удостоены четыре военных священнослужителя: отец Василий Васильковский – священник 19-го егерского пехотного полка (Костромского!), отец Иов Каминский – священник Тобольского пехотного полка, протоиерей Иоанн Пятибоков – священник Могилевского пехотного полка (а начинал службу ещё в 1848 году священником всё того же Костромского егерского полка!), а также иеромонах Ионикий (Савинов), проявивший героизм уже во время Севастопольской обороны Крымской войны
    В годы Великой войны 1914-1918гг., которую называли и 2-й Отечественной, за мужество и героизм 227 военных священников были награждены золотым наперсным крестом на Георгиевской ленте, 228 – орденом Святого князя Владимира, 643 – орденом Святой Анны.
       Как Институт военного и морского духовенства просуществовал в России до 16 января 1918 года, когда он был ликвидирован приказом Народного комиссариата по военным делам. Из армии было уволено 3700 священников.